Na minha opinião e como já te disse, não tendo visto ainda o tal suposto vídeo, o final deste ME3 resume-se àquilo que os Wachowski Brothers fizeram com o Matrix: Um sistema de controlo DENTRO de um sistema de controlo.
Por outras palavras, o Shepard actua como uma espécie de anomalia dentro do ciclo que se processa, a cada cinquenta mil anos, com a vinda dos Reapers com o propósito de extinguir tudo o que seja pertinente à(s) raça(s) dominante(s) de então. O Catalyst, a meu ver, reforça esta mesma possibilidade, já que faz parte do tal modelo "auxiliar" de controlo - se assim quiseres chamar-lhe - do qual faz parte a tal anomalia, que nosso tempo é o Shepard... O Catalyst, juntamente com a Citadel, representa a "Fonte" onde o Neo encontra o Arquitecto no Matrix Reloaded, sendo que a criança substitui o Arquitecto e dá ao Shepard um suposto(?!) leque de escolhas.
A partir daí, já acredito que a endoctrinação não esteja em acção, quanto muito acredito - e foi algo com que sonhei por assim dizer - que tal como havia um movimento dissidente dentro dos Geth, também existiria um movimento dissidente dentro dos Reapers, sendo que a Criança em certos aspectos representa tanto o Arquitecto como o Oráculo do Matrix... Basicamente, ela representa o movimento dissidente, que tenta quebrar o actual ciclo, ao passo que o Harbinger e associados é capaz de ser o líder máximo do ciclo actual.
Se tiveres lido o Retribution, tenta comparar as palavras do Paul Grayson à Khalee, quando sob controlo e contextualiza com aquilo que o Arquitecto diz ao Neo na "Fonte", relativamente à necessidade de manter o ciclo e as suas hipotéticas consequências nefastas, tanto para os orgânicos como para as máquinas.
Talvez esteja a complicar desnecessariamente o que quero dizer mas à primeira vista, é a explicação que mais me agrada pessoalmente.