Isso já depende das faculdades. Eu tenciono seguir para o curso de Engenharia Informática e Computação da FEUP e segundo o que sei, não há problema, pois pode-se entrar com Português e Matemática (qualquer uma delas). Haveria problema se só fosse possível entrar com Matemática
e Física, pois eu tive Físico-Química B e só até ao 11º, sendo que a Física do exame é a que se dá maioritariamente no 12º do curso de ciências e tecnologias.
Sei que há dois anos, na minha escola, a turma de 12º do curso tecnológico de Informática teve aulas "extra" de Física de 12º porque não havia esta opção de entrar com Matemática e Português no curso de Engenharia Informática em nenhuma faculdade.
E sim, eu tenho Matemática B. Se eventualmente o exame de acesso à faculdade incluir conteúdos da Matemática A, estarei preparado para isso.