Em termos de
design, o phpBB tem mais modificações, templates, etc.
Em termos de segurança, o software com mais falhas de segurança conhecidas é o phpBB2.
Em termos de configurações, pelo que vi o SMF dá bastante mais controlo do que o phpBB.
Grátis, só trabalhei com estes dois. E de longe,
prefiro o SMF (o que não quer dizer que seja "O MELHOR". Estes títulos são ridículos, sinceramente, e andam a ficar cada vez mais frequentes).
edit - HecKel, eu comecei a mexer no software do SMF e conhecia mal a própria linguagem (PHP), mas até eu me desenrasquei a fazer as modificações que queria
eu até acho que, ao contrário do que dizes, é intuitivo
isso, se esquecermos o AJAX, porque ainda vou precisar de umas horas para perceber o
esquema.