Finalmente arranjei a solução.Entao é assim, com o ntfs-3g instalado pus no fstab o seguinte:
# /dev/sda1
UUID=9E6818E66818BEC9 /media/sda1 ntfs-3g locale=pt_PT.utf8 0 0
# /dev/sdb1
UUID=02F89BC5F89BB57F /media/sdb1 ntfs-3g locale=pt_PT.utf8 0 0
Ou seja, troquei o que tinha que era:
ntfs-3g defaults,nls=utf8,umask=007,gid=46 0 1
Por:
ntfs-3g locale=pt_PT.utf8 0 0
E pufff, as pastas com acentos ja aparecem.