Tem de se usar uma empresa de pagamentos como intermediaria, como a easypay por exemplo. Eles fornecem toda a informação de integração.
Eu recomendo a Paypal, tem tudo para se integrar, menores comissões, não tem taxas e se o cliente tiver paypal faz Login e paga se não tiver é um site normal de pagamentos por Cartões de Crédito.