Newsletter nº4 - 18 de Dezembro de 2005 a 7 de Janeiro de 2006
Newsletter feita com a participação de:
DekkeR; Fontemourisa; Albumina;
El_UnO; _Rock_; shello; The_7; Dazkarieh;
DekkeR; Fontemourisa; Albumina;
El_UnO; _Rock_; shello; The_7; Dazkarieh;
Mensagem
Cá está mais uma Newsletter Portugal@folding. E esta é a última... de 2005
Toda a equipa da Newsletter deseja a todos os foldadores e respectivas famílias um optimo Natal e um excelente 2006, cheio de alegrias.
Uma nota: Seguindo a ordem linear de lançamento das newsletter, o próximo número seria lançado dia 1 de Janeiro de 2006, o que como era de esperar, seria altamente improvável de acontecer. Por esse motivo, o próximo número será lançado daqui a 3 semanas, no dia 8 de Janeiro. Obrigado pela compreensão.
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html
24/11 :: Aproveitando o facto de ser Dia de Acção de Graças nos States a equipa do F@H desejou a toda a gente Bom Feriado, embora por cá não estivéssemos de folga nós retribuímos e desejámos desde já um FELIZ NATAL.
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html
5/12 :: Aqui fica uma noticia para os mais distraídos. Subimos mais uma posição na tabela geral do F@H.
Estamos no 33º lugar por "troca" com os nossos amigos do Forum PC's Brasil e até final do ano não deve haver mais alterações, no entanto, é raro mas já me tenho enganado...
by: Fontemourisca
Alguém se lembrou de fazer outro almoço para comerem à grande e à francesa, pois é como tal mais uma grande inciativa, pede-se para todos aqueles que querem ir comer e aos outros que querem ficar em casa a comer o belo comer das mães ou das avós para que escolham o local para o 3º Almoço do Portugal@Folding.
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78907
Tutorial em 5 Minutos, mais rápido é impossivel!
O nosso amigo Metro lembrou-se que haviam alguns coitaditos que mereciam que ele fizessem um tutorialzito a explicar como se folda, para os "noobs" como eu aconselho a leitura, senão perceberem avisamos já que não fazemos trocas sem talão!
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78769
(ps: desconfio que estes senhores e senhoras não têm mais nada que fazer na vida e por isso organizam almoços e fazem tutoriais, só eu é que tenho que bulir, estudar muito muito muito... )
by The_7
Como tal têm que passar pela praxe do folding (levezinho, é só aparecerem nesta lista). Da parte dos que já cá estão um muito obrigado e espero continuar a ver todos estes nicks a foldar.
Espero que também não levem a mal as brincadeiras que escrevi com alguns nicks . Keep Folding...
Slipknoize
mahound
_GAF_ (ta ai uma gaffe: escreve-se "gaffe" e nao "gaf")
sKy (faz sentido, o céu é o nosso limite)
babes_team (eh lá...esta equipa está já convidada para o próximo almoço )
4emlinha2005 (bem bacano, mas por acaso prefiro o jogo do galo)
my.cpu.is.on.fire (da cpu, da cpu, da cpu is on fire...follow the WU...follow the WU)
Nunomdc (hmmm...será Nuno Maria das Cruzes?)
GeoForce (a força da terra mãe sempre a foldar, é esse o espirito)
ei02028 (WTF?)
colorblind (I'm blind not deaf...and I hear da calling of the folding people)
Goju-Ryu
Karmona (sim sr. General)
RucaMatrix (You are looking for it Mr. Ruca: “What is the matrix?” “A matrix is a square with numbers inside it”)
Mauro_Teodoro
wicked_pt
mec05013
Cougar (ja tinhamos um Whitetiger e agora temos um Cougar...bons bichos para ultrapassarmos a equipa dos "Milus")
niuantropos
RgomeZ
espeon
www.nofuturo.com
nunocovas (então e o manuelgrutas?)
sininho (então e o Peter Pan, os meninos perdidos, e o barco dos piratas? Nao foldam?)
souto
Antonio_Godinho (será primo/tio/sobrinho/cunhado do famoso musico?)
goodeal (juntares-te ao folding foi o melhor negócio da tua vida)
sLiNk
ipj (Instituto Português da Juventude?)
Siralcapone (está errado, é Al Capone)
Daniel_Pinto
by: El_UnO
amigos_da_proteina
www.*****.com
www.extreme-computers.pt
Ka0tiK
Cruzeta
JGAlmeida
Metro
Gandalf_PT
Voodoo
FalleZ
by: _Rock_
Em informática, uma flag (bandeira, em português) é um mecanismo lógico que funciona como semáforo: uma entidade (objecto) detém como activa uma determinada flag se a característica associada a essa flag estiver presente. Em programação, a utilização de flags como interruptor (i.e., valores 0/1, ligado/desligado, activo/inactivo) permite optimizar as estruturas de dados, na medida em que basta apenas um bit para activar determinada característica.
No cliente consola Folding@home existem várias flags, que devem ser usadas como é explicado pelo Dekker aqui: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=57205
São, as mais importantes (consequentemente, as mais usadas), -local, -advmethods e -forceasm.
by: Albumina
DOENÇA DE HUNTINGTON (DH)
A doença de Huntington é causada pela agregação de um diferente tipo de proteínas. Algumas proteínas têm a repetição de um simples aminoácido (glutamina, abreviada como "Q"). Estas repetições poli-Q, se forem suficientemente compridas, formam agregados que causam DH. Estamos a estudar a estrutura dos agregados poli-Q assim como a tentar prever o caminho pelo qual se formam. Parecida à DA, estes estudos da DH, se bem sucedidos, serão úteis para uma perspectiva de um projecto racional de drogas, assim como uma vista mais pormenorizada de como se formam cineticamente os agregados da DH (na esperança de cimentar o caminho para um método de impedir a formação de agregados da DH).
O CANCRO E A P53
Metade de todos os cancros conhecidos envolvem a mutação na p53, a chamada 'Guardiã da Célula'. A P53 é um supressor de tumores que assinala a morte de uma célula se o seu DNA se danificar. Se estas células não morressem, o seu DNA danificado levaria a um crescimento estranho e anormal encontrados em tumores cancerígenos e este crescimento continuaria indetectável até à morte. Quando a p53 não se enrola correctamente (ou até mesmo suficientemente depressa), o DNA danificado não é detectado e a pessoa poderá apanhar cancro. Temos andado a estudar domínios específicos da p53 de modo a prever mutações relevantes no cancro e para estudar mutações conhecidas relativas ao cancro.
(continua...)
by: DekkeR
Cá está mais uma review pela equipa do Portugal@folding.
Nesta newsletter vamos ver um simulador de proteínas em acção na Internet, chamado Jmol
O Jmol é um simulador de proteínas open-source (cujo código fonte está disponível na Internet para transferência e modificação). Uma versão foi modificada para o Folding@home, e é nessa que nos vamos centrar.
O Jmol não necessita de instalação pois é um applet escrito em Java e pode ser usado normalmente a partir de um browser tal como o Internet Explorer, o Mozzila Firefox ou o Opera, desde que o computador tenha o plugin de Java instalado.
Sendo assim, a página onde está o Jmol applet para o Folding@home é http://jmol.sourceforge.net/fah/.
Esta página já foi traduzida para português, pela Portugal@folding: http://jmol.sourceforge.net/fah/index.pt.html.
Esta review vai ser feita usando o applet na língua da ocidental praia lusitana.
Esta é a imagem do Jmol quando se abre a página.
O que temos a fazer é selecciona o projecto no campo ‘Seleccione o projecto’.
Vamos seleccionar, por exemplo, a 1140, uma GROMACS. Obtemos então, passados alguns segundos, o seguinte:
Esta é a (famosa) proteína 1140, GRMACS. O que salta à primeira vista é a complexidade dela.
Olhando para o lado direito da página tempos o seguinte:
Fazendo uma legenda:
Projecto – diz-nos o código do projecto;
Nome – o nome do projecto;
Crédito – os pontos que a WU vale;
Número de átomos – o número de átimos que este projecto está a estudar;
Preferido – Número de dias em que a WU deve ser entregue preferencialmente;
Final do prazo – Número máximo de dias em que a WU deve ser entregue.
Quadros – Número de frames da WU
Código – O Core da WU.
Mas o Jmol não acaba por aqui. A função mais engraçada deste applet é a utilização do rato para mover a proteína. Experimentem arrastar o cursor do rato, a carregar no botão esquerdo, em cima da proteína. Podemos rodá-la! E se o rato tiver uma Scroll Wheel (a roda entre os botões do rato) podemos aproximar a afastar a proteína.
Vamos ver mais umas funções interessantes, mas agora com uma proteína mais simples, como a 1911, uma QMD:
Clicamos com o botão direito do rato, e obtemos o menu e contexto.
Navegamos por ‘Labels’ > ‘With Element Symbol’ e conseguimos o seguinte, provocando uma aproximação, para se perceber melhor:
Os átomos foram assim identificados. Mais que um “programa” para ver e mexer nas proteínas que foldamos diariamente, o Jmol permite que sejam identificados os vários átomos constituintes das proteínas. Neste caso vemos Azoto (N - Azul), Carbono (C - Cinzento), Oxigénio (O - Vermelho) e Hidrogénio (H - Branco).
Outra opção que temos é fazer com que a molécula esteja a rodar automaticamente, sozinha.
Outra vez no menu de contexto, ‘Spin’ > ‘On’. No ‘Spin’ podemos ainda definir a velocidade de rotação para cada um dos eixos, X, Y e Z (as 3 dimensões).
Em ‘render’ podemos escolher várias opções de visualização. Experimenta por ti mesmo, em ‘Render’ > ‘Scheme’.
Conclusão:
O Jmol é um applet indispensável para quem quer conhecer o que o seu computador está a simular. Consegue dar informações preciosas e muio úteis quanto às variadas proteinas estudadas pelo projecto.
by: shello[SIZE=-1][SIZE=-2]
[/SIZE][/SIZE]
Toda a equipa da Newsletter deseja a todos os foldadores e respectivas famílias um optimo Natal e um excelente 2006, cheio de alegrias.
Uma nota: Seguindo a ordem linear de lançamento das newsletter, o próximo número seria lançado dia 1 de Janeiro de 2006, o que como era de esperar, seria altamente improvável de acontecer. Por esse motivo, o próximo número será lançado daqui a 3 semanas, no dia 8 de Janeiro. Obrigado pela compreensão.
by:shello
Notícias
15/12 :: Não sei se alguém se deu conta mas, no passado dia 15 de Dezembro, entre as 12 e as 14 horas (alguns estariam porventura a comer forte e feio) aproximadamente metade dos servidores do F@H estiveram fora de serviço. No entanto, nada de pânico, esta situação estava prevista e destinava-se a permitir uma actualização do nucleo da rede do F@H.
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html
24/11 :: Aproveitando o facto de ser Dia de Acção de Graças nos States a equipa do F@H desejou a toda a gente Bom Feriado, embora por cá não estivéssemos de folga nós retribuímos e desejámos desde já um FELIZ NATAL.
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html
5/12 :: Aqui fica uma noticia para os mais distraídos. Subimos mais uma posição na tabela geral do F@H.
Estamos no 33º lugar por "troca" com os nossos amigos do Forum PC's Brasil e até final do ano não deve haver mais alterações, no entanto, é raro mas já me tenho enganado...
by: Fontemourisca
Iniciativas
Organização da 3ª petiscada do portugal@folding
Alguém se lembrou de fazer outro almoço para comerem à grande e à francesa, pois é como tal mais uma grande inciativa, pede-se para todos aqueles que querem ir comer e aos outros que querem ficar em casa a comer o belo comer das mães ou das avós para que escolham o local para o 3º Almoço do Portugal@Folding.
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78907
Tutorial em 5 Minutos, mais rápido é impossivel!
O nosso amigo Metro lembrou-se que haviam alguns coitaditos que mereciam que ele fizessem um tutorialzito a explicar como se folda, para os "noobs" como eu aconselho a leitura, senão perceberem avisamos já que não fazemos trocas sem talão!
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78769
(ps: desconfio que estes senhores e senhoras não têm mais nada que fazer na vida e por isso organizam almoços e fazem tutoriais, só eu é que tenho que bulir, estudar muito muito muito... )
by The_7
Os "Verdinhos"
São eles os nossos novos recrutas para esta nobre causa.
Como tal têm que passar pela praxe do folding (levezinho, é só aparecerem nesta lista). Da parte dos que já cá estão um muito obrigado e espero continuar a ver todos estes nicks a foldar.
Espero que também não levem a mal as brincadeiras que escrevi com alguns nicks . Keep Folding...
Slipknoize
mahound
_GAF_ (ta ai uma gaffe: escreve-se "gaffe" e nao "gaf")
sKy (faz sentido, o céu é o nosso limite)
babes_team (eh lá...esta equipa está já convidada para o próximo almoço )
4emlinha2005 (bem bacano, mas por acaso prefiro o jogo do galo)
my.cpu.is.on.fire (da cpu, da cpu, da cpu is on fire...follow the WU...follow the WU)
Nunomdc (hmmm...será Nuno Maria das Cruzes?)
GeoForce (a força da terra mãe sempre a foldar, é esse o espirito)
ei02028 (WTF?)
colorblind (I'm blind not deaf...and I hear da calling of the folding people)
Goju-Ryu
Karmona (sim sr. General)
RucaMatrix (You are looking for it Mr. Ruca: “What is the matrix?” “A matrix is a square with numbers inside it”)
Mauro_Teodoro
wicked_pt
mec05013
Cougar (ja tinhamos um Whitetiger e agora temos um Cougar...bons bichos para ultrapassarmos a equipa dos "Milus")
niuantropos
RgomeZ
espeon
www.nofuturo.com
nunocovas (então e o manuelgrutas?)
sininho (então e o Peter Pan, os meninos perdidos, e o barco dos piratas? Nao foldam?)
souto
Antonio_Godinho (será primo/tio/sobrinho/cunhado do famoso musico?)
goodeal (juntares-te ao folding foi o melhor negócio da tua vida)
sLiNk
ipj (Instituto Português da Juventude?)
Siralcapone (está errado, é Al Capone)
Daniel_Pinto
by: El_UnO
Top 10 Foldadores
Pois é,andam por aí umas máquinas mastigadores de WU’s e não param de subir! Apresento-vos os top 10 mastigadores de Wu’s desta semana:
amigos_da_proteina
www.*****.com
www.extreme-computers.pt
Ka0tiK
Cruzeta
JGAlmeida
Metro
Gandalf_PT
Voodoo
FalleZ
by: _Rock_
Dicionário Folding@home
Flag
Em informática, uma flag (bandeira, em português) é um mecanismo lógico que funciona como semáforo: uma entidade (objecto) detém como activa uma determinada flag se a característica associada a essa flag estiver presente. Em programação, a utilização de flags como interruptor (i.e., valores 0/1, ligado/desligado, activo/inactivo) permite optimizar as estruturas de dados, na medida em que basta apenas um bit para activar determinada característica.
No cliente consola Folding@home existem várias flags, que devem ser usadas como é explicado pelo Dekker aqui: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=57205
São, as mais importantes (consequentemente, as mais usadas), -local, -advmethods e -forceasm.
by: Albumina
Doenças estudadas pelo Folding@Home (Parte 2)
(continuação)
DOENÇA DE HUNTINGTON (DH)
A doença de Huntington é causada pela agregação de um diferente tipo de proteínas. Algumas proteínas têm a repetição de um simples aminoácido (glutamina, abreviada como "Q"). Estas repetições poli-Q, se forem suficientemente compridas, formam agregados que causam DH. Estamos a estudar a estrutura dos agregados poli-Q assim como a tentar prever o caminho pelo qual se formam. Parecida à DA, estes estudos da DH, se bem sucedidos, serão úteis para uma perspectiva de um projecto racional de drogas, assim como uma vista mais pormenorizada de como se formam cineticamente os agregados da DH (na esperança de cimentar o caminho para um método de impedir a formação de agregados da DH).
(continua...)
by: DekkeR
Review
Jmol applet para o Folding@home
Cá está mais uma review pela equipa do Portugal@folding.
Nesta newsletter vamos ver um simulador de proteínas em acção na Internet, chamado Jmol
O Jmol é um simulador de proteínas open-source (cujo código fonte está disponível na Internet para transferência e modificação). Uma versão foi modificada para o Folding@home, e é nessa que nos vamos centrar.
O Jmol não necessita de instalação pois é um applet escrito em Java e pode ser usado normalmente a partir de um browser tal como o Internet Explorer, o Mozzila Firefox ou o Opera, desde que o computador tenha o plugin de Java instalado.
Sendo assim, a página onde está o Jmol applet para o Folding@home é http://jmol.sourceforge.net/fah/.
Esta página já foi traduzida para português, pela Portugal@folding: http://jmol.sourceforge.net/fah/index.pt.html.
Esta review vai ser feita usando o applet na língua da ocidental praia lusitana.
O que temos a fazer é selecciona o projecto no campo ‘Seleccione o projecto’.
Vamos seleccionar, por exemplo, a 1140, uma GROMACS. Obtemos então, passados alguns segundos, o seguinte:
Olhando para o lado direito da página tempos o seguinte:
Projecto – diz-nos o código do projecto;
Nome – o nome do projecto;
Crédito – os pontos que a WU vale;
Número de átomos – o número de átimos que este projecto está a estudar;
Preferido – Número de dias em que a WU deve ser entregue preferencialmente;
Final do prazo – Número máximo de dias em que a WU deve ser entregue.
Quadros – Número de frames da WU
Código – O Core da WU.
Mas o Jmol não acaba por aqui. A função mais engraçada deste applet é a utilização do rato para mover a proteína. Experimentem arrastar o cursor do rato, a carregar no botão esquerdo, em cima da proteína. Podemos rodá-la! E se o rato tiver uma Scroll Wheel (a roda entre os botões do rato) podemos aproximar a afastar a proteína.
Vamos ver mais umas funções interessantes, mas agora com uma proteína mais simples, como a 1911, uma QMD:
Clicamos com o botão direito do rato, e obtemos o menu e contexto.
Navegamos por ‘Labels’ > ‘With Element Symbol’ e conseguimos o seguinte, provocando uma aproximação, para se perceber melhor:
Outra opção que temos é fazer com que a molécula esteja a rodar automaticamente, sozinha.
Outra vez no menu de contexto, ‘Spin’ > ‘On’. No ‘Spin’ podemos ainda definir a velocidade de rotação para cada um dos eixos, X, Y e Z (as 3 dimensões).
Em ‘render’ podemos escolher várias opções de visualização. Experimenta por ti mesmo, em ‘Render’ > ‘Scheme’.
Conclusão:
O Jmol é um applet indispensável para quem quer conhecer o que o seu computador está a simular. Consegue dar informações preciosas e muio úteis quanto às variadas proteinas estudadas pelo projecto.
by: shello[SIZE=-1][SIZE=-2]
[/SIZE][/SIZE]
Última edição: