Newsletter Portugal@Folding - Nº 4

shello

%erador
Staff
Newsletter nº4 - 18 de Dezembro de 2005 a 7 de Janeiro de 2006
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Newsletter feita com a participação de:
DekkeR; Fontemourisa; Albumina;
El_UnO; _Rock_; shello; The_7; Dazkarieh;


Mensagem
Cá está mais uma Newsletter Portugal@folding. E esta é a última... de 2005 :)
Toda a equipa da Newsletter deseja a todos os foldadores e respectivas famílias um optimo Natal e um excelente 2006, cheio de alegrias.

Uma nota: Seguindo a ordem linear de lançamento das newsletter, o próximo número seria lançado dia 1 de Janeiro de 2006, o que como era de esperar, seria altamente improvável de acontecer. Por esse motivo, o próximo número será lançado daqui a 3 semanas, no dia 8 de Janeiro. Obrigado pela compreensão.

by:shello


Notícias
15/12 :: Não sei se alguém se deu conta mas, no passado dia 15 de Dezembro, entre as 12 e as 14 horas (alguns estariam porventura a comer forte e feio) aproximadamente metade dos servidores do F@H estiveram fora de serviço. No entanto, nada de pânico, esta situação estava prevista e destinava-se a permitir uma actualização do nucleo da rede do F@H.
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html

24/11 :: Aproveitando o facto de ser Dia de Acção de Graças nos States a equipa do F@H desejou a toda a gente Bom Feriado, embora por cá não estivéssemos de folga nós retribuímos e desejámos desde já um FELIZ NATAL.
Fonte: http://folding.stanford.edu/news.html

5/12 ::
Aqui fica uma noticia para os mais distraídos. Subimos mais uma posição na tabela geral do F@H.
Estamos no 33º lugar por "troca" com os nossos amigos do Forum PC's Brasil e até final do ano não deve haver mais alterações, no entanto, é raro mas já me tenho enganado...

by: Fontemourisca


Iniciativas
Organização da 3ª petiscada do portugal@folding
Alguém se lembrou de fazer outro almoço para comerem à grande e à francesa, pois é como tal mais uma grande inciativa, pede-se para todos aqueles que querem ir comer e aos outros que querem ficar em casa a comer o belo comer das mães ou das avós para que escolham o local para o 3º Almoço do Portugal@Folding.
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78907

Tutorial em 5 Minutos, mais rápido é impossivel!
O nosso amigo Metro lembrou-se que haviam alguns coitaditos que mereciam que ele fizessem um tutorialzito a explicar como se folda, para os "noobs" como eu aconselho a leitura, senão perceberem avisamos já que não fazemos trocas sem talão! :P
Fonte: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=78769

(ps: desconfio que estes senhores e senhoras não têm mais nada que fazer na vida e por isso organizam almoços e fazem tutoriais, só eu é que tenho que bulir, estudar muito muito muito... :P)

by The_7


Os "Verdinhos"
São eles os nossos novos recrutas para esta nobre causa.
Como tal têm que passar pela praxe do folding (levezinho, é só aparecerem nesta lista). Da parte dos que já cá estão um muito obrigado e espero continuar a ver todos estes nicks a foldar.
Espero que também não levem a mal as brincadeiras que escrevi com alguns nicks :D. Keep Folding...

Slipknoize
mahound
_GAF_ (ta ai uma gaffe: escreve-se "gaffe" e nao "gaf")
sKy (faz sentido, o céu é o nosso limite)
babes_team (eh lá...esta equipa está já convidada para o próximo almoço :D )
4emlinha2005 (bem bacano, mas por acaso prefiro o jogo do galo)
my.cpu.is.on.fire (da cpu, da cpu, da cpu is on fire...follow the WU...follow the WU)
Nunomdc (hmmm...será Nuno Maria das Cruzes?)
GeoForce (a força da terra mãe sempre a foldar, é esse o espirito)
ei02028 (WTF?)
colorblind (I'm blind not deaf...and I hear da calling of the folding people)
Goju-Ryu
Karmona (sim sr. General)
RucaMatrix (You are looking for it Mr. Ruca: “What is the matrix?” “A matrix is a square with numbers inside it”)
Mauro_Teodoro
wicked_pt
mec05013
Cougar (ja tinhamos um Whitetiger e agora temos um Cougar...bons bichos para ultrapassarmos a equipa dos "Milus")
niuantropos
RgomeZ
espeon
www.nofuturo.com
nunocovas (então e o manuelgrutas?)
sininho (então e o Peter Pan, os meninos perdidos, e o barco dos piratas? Nao foldam?)
souto
Antonio_Godinho (será primo/tio/sobrinho/cunhado do famoso musico?)
goodeal (juntares-te ao folding foi o melhor negócio da tua vida)
sLiNk
ipj (Instituto Português da Juventude?)
Siralcapone (está errado, é Al Capone)
Daniel_Pinto

by: El_UnO


Top 10 Foldadores
Pois é,andam por aí umas máquinas mastigadores de WU’s e não param de subir! Apresento-vos os top 10 mastigadores de Wu’s desta semana:

amigos_da_proteina
www.*****.com
www.extreme-computers.pt
Ka0tiK
Cruzeta
JGAlmeida
Metro
Gandalf_PT
Voodoo
FalleZ

by: _Rock_

Dicionário Folding@home
Flag
Em informática, uma flag (bandeira, em português) é um mecanismo lógico que funciona como semáforo: uma entidade (objecto) detém como activa uma determinada flag se a característica associada a essa flag estiver presente. Em programação, a utilização de flags como interruptor (i.e., valores 0/1, ligado/desligado, activo/inactivo) permite optimizar as estruturas de dados, na medida em que basta apenas um bit para activar determinada característica.
No cliente consola Folding@home existem várias flags, que devem ser usadas como é explicado pelo Dekker aqui: http://www.techzonept.com/showthread.php?t=57205
São, as mais importantes (consequentemente, as mais usadas), -local, -advmethods e -forceasm.

by: Albumina


Doenças estudadas pelo Folding@Home (Parte 2)
(continuação)

DOENÇA DE HUNTINGTON (DH)
A doença de Huntington é causada pela agregação de um diferente tipo de proteínas. Algumas proteínas têm a repetição de um simples aminoácido (glutamina, abreviada como "Q"). Estas repetições poli-Q, se forem suficientemente compridas, formam agregados que causam DH. Estamos a estudar a estrutura dos agregados poli-Q assim como a tentar prever o caminho pelo qual se formam. Parecida à DA, estes estudos da DH, se bem sucedidos, serão úteis para uma perspectiva de um projecto racional de drogas, assim como uma vista mais pormenorizada de como se formam cineticamente os agregados da DH (na esperança de cimentar o caminho para um método de impedir a formação de agregados da DH).
HD_effect.gif

O CANCRO E A P53
p53dimer.jpg

Metade de todos os cancros conhecidos envolvem a mutação na p53, a chamada 'Guardiã da Célula'. A P53 é um supressor de tumores que assinala a morte de uma célula se o seu DNA se danificar. Se estas células não morressem, o seu DNA danificado levaria a um crescimento estranho e anormal encontrados em tumores cancerígenos e este crescimento continuaria indetectável até à morte. Quando a p53 não se enrola correctamente (ou até mesmo suficientemente depressa), o DNA danificado não é detectado e a pessoa poderá apanhar cancro. Temos andado a estudar domínios específicos da p53 de modo a prever mutações relevantes no cancro e para estudar mutações conhecidas relativas ao cancro.

(continua...)

by: DekkeR


Review
Jmol applet para o Folding@home

Cá está mais uma review pela equipa do Portugal@folding.
Nesta newsletter vamos ver um simulador de proteínas em acção na Internet, chamado Jmol

O Jmol é um simulador de proteínas open-source (cujo código fonte está disponível na Internet para transferência e modificação). Uma versão foi modificada para o Folding@home, e é nessa que nos vamos centrar.

O Jmol não necessita de instalação pois é um applet escrito em Java e pode ser usado normalmente a partir de um browser tal como o Internet Explorer, o Mozzila Firefox ou o Opera, desde que o computador tenha o plugin de Java instalado.
Sendo assim, a página onde está o Jmol applet para o Folding@home é http://jmol.sourceforge.net/fah/.
Esta página já foi traduzida para português, pela Portugal@folding: http://jmol.sourceforge.net/fah/index.pt.html.

Esta review vai ser feita usando o applet na língua da ocidental praia lusitana. :)

013aw.jpg

Esta é a imagem do Jmol quando se abre a página.
O que temos a fazer é selecciona o projecto no campo ‘Seleccione o projecto’.
Vamos seleccionar, por exemplo, a 1140, uma GROMACS. Obtemos então, passados alguns segundos, o seguinte:
025li.jpg

Esta é a (famosa) proteína 1140, GRMACS. O que salta à primeira vista é a complexidade dela.

Olhando para o lado direito da página tempos o seguinte:
032vt.jpg

Fazendo uma legenda:
Projecto – diz-nos o código do projecto;
Nome – o nome do projecto;
Crédito – os pontos que a WU vale;
Número de átomos – o número de átimos que este projecto está a estudar;
Preferido – Número de dias em que a WU deve ser entregue preferencialmente;
Final do prazo – Número máximo de dias em que a WU deve ser entregue.
Quadros – Número de frames da WU
Código – O Core da WU.

Mas o Jmol não acaba por aqui. A função mais engraçada deste applet é a utilização do rato para mover a proteína. Experimentem arrastar o cursor do rato, a carregar no botão esquerdo, em cima da proteína. Podemos rodá-la! E se o rato tiver uma Scroll Wheel (a roda entre os botões do rato) podemos aproximar a afastar a proteína.

Vamos ver mais umas funções interessantes, mas agora com uma proteína mais simples, como a 1911, uma QMD:
044sp.jpg


Clicamos com o botão direito do rato, e obtemos o menu e contexto.
Navegamos por ‘Labels’ > ‘With Element Symbol’ e conseguimos o seguinte, provocando uma aproximação, para se perceber melhor:
059ix.jpg

Os átomos foram assim identificados. Mais que um “programa” para ver e mexer nas proteínas que foldamos diariamente, o Jmol permite que sejam identificados os vários átomos constituintes das proteínas. Neste caso vemos Azoto (N - Azul), Carbono (C - Cinzento), Oxigénio (O - Vermelho) e Hidrogénio (H - Branco).

Outra opção que temos é fazer com que a molécula esteja a rodar automaticamente, sozinha.
Outra vez no menu de contexto, ‘Spin’ > ‘On’. No ‘Spin’ podemos ainda definir a velocidade de rotação para cada um dos eixos, X, Y e Z (as 3 dimensões).
Em ‘render’ podemos escolher várias opções de visualização. Experimenta por ti mesmo, em ‘Render’ > ‘Scheme’.

Conclusão:
O Jmol é um applet indispensável para quem quer conhecer o que o seu computador está a simular. Consegue dar informações preciosas e muio úteis quanto às variadas proteinas estudadas pelo projecto.

by: shello[SIZE=-1][SIZE=-2]
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Última edição:
Já sabem, algum erro, peço muitas desculpas, e que mo indiquem onde está :)
Eu li a Nl toda antes da enviar, mas passou um ou dois erros (nada de mais). já os corrigi. De qualquer modo, se encontrarem algum, é chamar à atenção :)

Abraços!
 
shello, há uma pic da review do Jmol que não aparece por causa do smile..
Edita isso activando a caixa que desactiva os smiles no texto.

5 estrelas ;)

:kfold:
 
DekkeR disse:
shello, há uma pic da review do Jmol que não aparece por causa do smile..
Edita isso activando a caixa que desactiva os smiles no texto.

5 estrelas ;)

:kfold:
Criei outra imagem no imageshack :P
Já não tenho aqui os links usados, pq fechei o MassImageshack :P

Abraços!
 
Cheguei à pouco a casa e foi com muito gosto que tive a ler a newsletter :)

Ficou 5 estrelas :) Parabéns e mais uma vez desculpem a minha ausencia.

_zZz_ disse:
ja li e gostei imenso... parabens :)

ja mereciamos uma divulgaçaozita maior da newsletter :)

Concordo! Porque não sugerir à Bits & Bytes a publicação da newsletter? Eles têm sido impecáveis conosco, tem saído quase sempre a nossa página de publicidade... se eles tivessem interessados seria expectacular!

Que dizem?
 
Acho bem, inclusive eu e o shello uma vez ja tinhamos falado sobre isso no msn, mas nunca divulgamos por estas bandas xD!

Parabens A NL está muito buena
 
Ora pois acho que apoiamos todos, não é verdade? xD

#edit: Daz, não tens que pedir desculpa nenhuma por isso da n poderes ter feito desta vez a NL. Se não fores tu, serei eu, e se não for eu, e tal como tu disseste, haverá sempre alguém disposto a fazer a NL :)

Abraços!
 
ta porreira sim sr! parabens a todos que nela participaram!

as frases depois dos nicks dos caloiros é que não estão lá muito conseguidas... mas isso também não interessa!

Parabens!!
 
Sway disse:
ta porreira sim sr! parabens a todos que nela participaram!

as frases depois dos nicks dos caloiros é que não estão lá muito conseguidas... mas isso também não interessa!

Parabens!!
Olha que eu achei o contrário :P

Adorei proncipalmente esta:
my.cpu.is.on.fire (da cpu, da cpu, da cpu is on fire...follow the WU...follow the WU)
:lol::lol::lol:
 
Dazkarieh disse:
Cheguei à pouco a casa e foi com muito gosto que tive a ler a newsletter :)

Ficou 5 estrelas :) Parabéns e mais uma vez desculpem a minha ausencia.



Concordo! Porque não sugerir à Bits & Bytes a publicação da newsletter? Eles têm sido impecáveis conosco, tem saído quase sempre a nossa página de publicidade... se eles tivessem interessados seria expectacular!

Que dizem?
Tinha pensado nisso!

Parabéns a Todos e um Feliz Natal :009:
 
Gostei bastante da NL, é com mt pena, que devido à minha disponibilidade, não tenha colaborado com a NL, no entanto a minha curta presença neste projecto (NL) foi bastante gratificante, e sendo este o primeiro numero que oficialmente eu não participei (o outro também não por falta de noticias :S) olho para a NL e vejo um grande trabalho que não pode mesmo perder a continuidade.

Acho que seria interessante adoptar um sistema rotativo de "jornalistas", desta forma a NL poderiamos ver outras formas de abordar os temas e ver "caras" novas nas NL's. Em alternativa a esta ideia pensei que se poderia criar uma nova "área" livre onde em cada nova edição um foldador convidado poderia fazer um artigo livre que respeitasse o "tema base" da NL.

abraços, HecKel
 
24/11 :: Aproveitando o facto de ser Dia de Acção de Graças nos States a equipa do F@H desejou a toda a gente Bom Feriado, embora por cá não estivesse-mos de folga nós retribuímos e desejámos desde já um FELIZ NATAL.

by: Fontemourisca :lol:

So podia ser, é ESTIVÉSSEMOS. Ja pareces o Gleed (tadinho dele...:()
 
Bubu disse:
24/11 :: Aproveitando o facto de ser Dia de Acção de Graças nos States a equipa do F@H desejou a toda a gente Bom Feriado, embora por cá não estivesse-mos de folga nós retribuímos e desejámos desde já um FELIZ NATAL.

by: Fontemourisca :lol:

So podia ser, é ESTIVÉSSEMOS. Ja pareces o Gleed (tadinho dele...:()

Eu não percebo nada de português (para grande pena e vergonha minha), como sabes a minha área é betão e ferro, mas se deres uma passagem pelo corrector ortográfico dos editores de texto vias que aceitam das 2 formas sem assinalar erro, ou seja acho que não sou o único que não percebe nada.

Já agora para um gajo que escreve com uma quantidade de X's incrível no #portugal@folding tipo adolescente feminina cheia de borbulhas na cara e com a T-shirt dos Dzrt até que prestas muita atenção aos meus erros :rofl:

:P

Cumps
 
>( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >( >(
Pa,isso dos X's é habito dos sms e é pa abreviar!!!!
Seja cm for,penso que a forma correcta é aquela que disse. Mas realmente o word aceita as duas formas. Vou me informar sobre isso!!!!!
:x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2: :x2:
 
<flame mode e totalmente offtopic :P>
Quando existe uma negação do verbo, o sujeito (julgo ser esta a desinação do me, te, lhe blabla) é colocado sempre antes do verbo, a tua própria frase é uma negação :P mas de facto o que escreveste existe, está é mal empregue ;)
</flame mode>

abraços, HecKel
 
Ficou muito boa esta NL!! :cool: Estamos todos de parabens! :clap:
Por acaso a ideia de publicar a NL no Bits e Bytes não é nada má! :)
Abraço

P.S: Eu sei que é cedo,mas pessoal da NL,posso ficar com os verdinhos para a próxima NL? :)
 
E la saiu mais uma newsletter, esta bastante boa :cool:

Publicar no bits & bytes seria excelente mesmo!! So acho que a isso acontecer era preciso expandir um pouco mais a nossa "redaccao", pois a responsabilidade tambem seria maior...

É na televisao, nos jornais...qualquer dia ate metemos anuncios do folding nas paragens dos autocarros :D

Sway, por mim acho que tentei dar o meu melhor e o tempo também nao foi muito...mas respeito a 100% a tua opiniao :)

Mais uma vez agradeço a todos os que lêm esta nossa publicacao e todo o apoio prestado ;)

:kfold:
 
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