Não, podes utilizar um ou o outro. Os dois não é preciso.
Se já instalaste o fddshow para os codecs de imagem (como provavelmente fizeste e se não fizeste devias ter feito porque é o único programa que é preciso) basta ires às definições do programa e meter um "check" na caixa de subtitles e nunca mais pensar no assunto. As legendas são automáticas (desde que os nomes sejam iguais) e funcionam em qualquer programa. Se quiseres podes depois definir melhor o tamanho, fonte , posição, etc... mas naturalmente isso não é necessário.
Com o vobsub também é muito simples. Instalas e pronto. Mais nada. É tudo automático (mesmo nome também).