Ouvi dizer que o Linux é incompativel mas também já me disseram que o novo Ubuntu não tem esse problema. Alguém me pode esclarecer?

Ntfs-3G (http://www.techzonept.com/showthread.php?t=98806).

O Linux não é incompatível com o NTFS.
Por predefinição é que pode não permitir a escrita e leitura.
Mas com a 'aplicação' certa é possível (e.g. NTFS-3G).

No Ubuntu (7.10) em especifico:
Highlighted Features of Ubuntu 7.10 Desktop Edition
The latest version of Ubuntu includes the following new features:
Hardware management improvements - improved plug-and-play configuration for printers, as well as automatic firmware installation for Broadcom cards
Improved support for display systems - For laptop users, full support external VGA (projector) support is available out-of-the-box with easy reconfiguration when hardware is switched. For power users this release includes the ability to manage multiple monitors
Windows compatibility - Users with a dual partition can read from and and write to files that are on located in a Windows partition (including NTFS)
Enhanced user interface – Simple 3D screen effects and graphics enhance the user experience
Desktop search – gives users the ability to search their entire desktop, whether for files, folders, chat logs or photos. This capability includes the deskbar applet, a central location on users' desktops for all local and web search operations
Firefox plugins - automatic installation of popular Firefox plugins validated by Ubuntu for a richer, safer web-browsing experience

Trocando por miúdos: O NTFS é uma tecnologia Microsoft, e até há bem pouco não a podias utilizar no Linux. Depois já podias mas tinhas que instalar uma cena. Agora (gutsy gibbon) já podes utilizar a vontade. Em resumo, não tens nada com que te preocupar se estás a usar a última versão do Ubuntu. Outras distros não sei.