Boas.

Instalei hoje o cliente SMP do F@H para linux. Meti os dois ficheiros numa sub-pasta da /home (/home/folding1) mas ele, quando é executado criou todos os ficheiros de trabalho (o fah core, a pasta work, etc) na raiz da minha pasta home, isto só aumenta a confusão, portanto peço ajuda a quem saiba.

Ok... nenhum folder/linuxer sabe dar resposta :D :D :D?

Não estou a ver como isso pode sequer acontecer sem lhe dar instruções para tal.
Já agora como é que iniciaste, através de consola?

Iniciei a través da consola sim... Aliás é a única maneira...