Gostaria de forçar uma aplicação de modo a correr duas instâncias... alguém sabe se existe algum software que possa "esconder" uma instância da outra?

ps: assumam que existem duas pastas com a mesma aplicação, cada uma a correr a partir da sua pasta.

Obrigado. ;)

Se for uma aplicação que n esteja preparada para o fazer corres o risco de poder corromper dados que ela acede.
Em ultimo caso podes iniciar 2 sessões remotas e correr as duas instâncias da mesma aplicação separadamente.